Für die Anfangszeit des in der ersten Hälfte des 8. Jhs. gegründeten Stiftes Michaelbeuern kann noch nicht vom Vorhandensein einer Bibliothek im eigentlichen Sinn gesprochen werden. Die Bücher wurden wohl zusammen mit den für die Liturgie benötigten Werken in der Sakristei aufbewahrt. Im 10. Jh. wurde die Gegend mehrmals von Magyaren heimgesucht und verwüstet. Erst nach dem Sieg auf dem Lechfeld (955) konnten die Mönche von Michaelbeuern wieder ein geregeltes Ordensleben führen. Eine neuerliche Zäsur in der Geschichte des Klosters bedeutete das Jahr 1364, als durch eine Brandkatastrophe auch zahlreiche Handschriften vernichtet wurden.
Die Dienstbücher des Abtes Georg Liebenknecht (1440-1472) geben u. a. Auskunft über Ausgaben für Bücherkäufe sowie für Schreiber- und Buchbinderlöhne. Unter ihm wirkten z. B. der Schulmeister Wenzeslaus Klokoter (Abschrift einer Erklärung der Benediktiner-Mönchsregel) und der Mönch-Diakon Leonardus, dem die prachtvollen Initialen des großen Pergament-Antiphonars von 1458 zu verdanken sind. Der Abt betätigte sich selbst als Schreiber, ebenso sein Nachfolger, Abt Benedikt (1477-1483).
Ein Zustandsbericht über die Bibliothek ist aus dem Jahr 1592 überliefert: Im Kloster hat es keine ordentliche Bibliothec oder Liberey, allein in ainer Stuben oder Chammer ...sein etlich alte Bücher, welche in beyliegenden Cataloge beschrieben sein, so der Schreiber des Hofrichters, Martin Schönlein. Besagter Katalog war 1846 nicht mehr auffindbar. Der älteste erhaltene Bücherkatalog wurde von P. Konrad Mader in den Jahren 1664/1665 angelegt. Er erfaßt jedoch sicherlich nicht alle damals vorhandenen Bücher. 1711 legte P. Joseph Fux einen neuen Bücherkatalog an, 1825 und 1846 nahm P. Michael Filz die Katalogisierungsarbeiten auf.
Um die Bibliothek machte sich auch Abt Johannes Süß (1567-1580) verdient. Mehrere bemerkenswerte Einbände, u. a. der des Antiphonars von 1458, tragen sein Supralibros. Sein Nachfolger, Abt Wolfgang Burger (1585-1592), erwarb die Büchersammlung des Pfarrers von Schörfling, Pastor Johannes Süß, ain ganzen Kasten voll. Abt Ulrich Hofbauer (1614-1626), dessen Exlibris zahlreiche Bücher aufweisen, sorgte für eine Neuordnung des Bibliotheksbestandes. Seit dieser Zeit verwendeten die Äbte bis zu Friedrich Königsberger (1876-1905) einen Stempel als Supralibros oder ließen die Anfangsbuchstaben ihres Namens auf die Buchrücken pressen. Der auf Hofbauer folgende Abt Lampert Pichler (1626-1636) erwarb 8 Inkunabeln und mindestens 10 Frühdrucke von Georg Lupperger.
Nicht nur die Äbte, auch die Patres, die vielfach an der Salzburger Universität oder am Lyzeum tätig waren, trugen zur Erweiterung des Bibliotheksbestandes bei. Hinzu kamen im 17. Jh. die Bibliotheken verstorbener Pfarrherren, so der Nachlass von Konrad Knör (1636), Georg Kugler (1649), Georg Pfeffel, Johann Kaspar Siffert (1694) und Michael Mayr. Der Berndorfer Pfarrer Tobias Khnaffer (1656) vermachte seine mehr als 100 Bände umfassende Büchersammlung ebenfalls dem Kloster. Dr. Johannes Christoph Mezger, der Mitbegründer der Salzburger Studienbibliothek, schenkte der Abtei die um 1300 verfaßte Chronica Martini; überdies tragen bedeutende Werke zum Kirchen- und Profanrecht sowie zu Geographie und Geschichte sein Exlibris.
1738 erhielt die Bibliothek den Büchernachlass des Pfarrers Wolfgang Carl Daniel, 470 Bände im Schätzwert von 984 Gulden. 7 Klebebände, deren Grundstock Landkarten bildeten, kamen aus dem Besitz des Pfarrers Johann Baptist Vierthaler an die Abtei. Die mittlerweile beträchtlich angewachsene Büchersammlung erforderte bald größere Räumlichkeiten, sodass Abt Anton Moser (1765-1783), der an der Salzburger Benediktiner-Universität als Lehrender tätig war, mit dem Neubau des Konventtraktes die Errichtung eines Bibliothekssaales (1769 bis 1779) verband, für den aber erst 1796 die Schränke bereitgestellt wurden.
Die auf den Ersten Weltkrieg folgende Wirtschaftskrise ließ auch das Kloster nicht unbeeinträchtigt, und manches wertvolle Buch musste veräußert werden. Unter Abt Josef II. Müller (1919-1923) wurde P. Augustin Jungwirth aus der Abtei St. Peter in Salzburg als Bibliothekar nach Michaelbeuern berufen. Er ordnete die Bibliothek neu und legte einen Autoren- und Sachkatalog an. Den Zweiten Weltkrieg überstanden Stift und Bibliothek weitgehend unbeschadet. Für die stets wachsende Zahl neuerer Bücher wurden 1957 zwei Räume neben dem Refektorium eingerichtet, bis unter Abt Roman Hinterhöller (1969-1982) ein vierstöckiges Büchermagazin geschaffen wurde (1979 vollendet). Da auch dieses Magazin für den raschen Bücherzuwachs bald zu klein wurde, konnte unter Abt Nicolaus Wagner (1982-2006) im Jahre 2001 ein Erweiterungsbau des Büchermagazins ausgeführt werden, der nun für die nächsten Jahrzehnte Platz bietet. Die wichtigsten Lexika und Nachschlagewerke sind in einer Handbibliothek den Konventualen jederzeit zugänglich. Durch Schenkungen und Vermächtnisse, in bescheidenem Ausmaß durch Ankauf, erfährt die Bibliothek immer wieder Zuwachs.
Ab dem Jahr 2001 wurde mit der längst fälligen Katalogisierung neuer Werke (ab ca. 1850) begonnen. Ebenso wurde die Neu-Katalogisierung des Altbestandes vorgenommen, die nun ebenfalls vollendet ist. Inzwischen (bis 2021) konnten insgesamt ca.112.000 Bände erfasst werden.